В сериале «Проект «Синяя книга» использованы реальные записи первого директора проекта Эдварда Руппельта, поскольку в художественной версии изменены все имена, то в этом шоу главным персонажем выступает и другой учёный Джозеф Аллен Хайнек. Реальный астрофизик по профессии он был привлечён в секретный проект «Синяя книга» как раз в разгар Холодной Войны. Метания верхушки правительства от советской угрозы до зелёных человечков дало возможность учёному прикоснуться к закрытым материалам и свидетельствам очевидцев увидевших в небе НЛО. Вместе с капитаном ВВС США Майклом Куинни в период с 1952 по 1969 годы им удалось изучить более чем 12 тысяч различных документов по данной теме.
По всей стране простые обыватели видят в небе странные зелёные огни, необъяснимые явления проявляются как в так называемых аномальных зонах, так и разных населённых пунктах. Правительственные круги озабочены неадекватной реакцией своих граждан и для расследования необычного феномена решают создать новый проект «Синяя книга» с привлечением военных специалистов и ученого астрофизика Хайнека, который безуспешно пытался найти финансирование для своих разработок. Молодому и амбициозному капитану ВВС Майклу Куинни поручено приобщить учёного и повлиять на его мнение, сообщая тому что все увиденные явления ни что иное как игра воображения.
Скептически настроенный учёный и сам не верит рассказы очевидцев и находит разумное объяснение множеству непонятных и, казалось бы, неоспоримых фактов. Но постепенно поиски инопланетных следов и их проявлений затягивают Аллена Хайнека, встречи с людьми которые уверены, что их похитили пришельцы или то что они видели НЛО отнимают всё больше времени, а жене и маленькому сынишке достаётся всё меньше внимания. Преподавание в колледже и научные разработки тоже требуют определённых усилий и под нажимом супруги Хайнек решает покинуть проект «Синяя книга». Но вскоре приглашение в Вашингтон неким таинственным союзником изменяет все грядущие планы.
Оставшись без внимания мужа Мими Хайнек нечаянно находит новую подругу молодую и привлекательную женщину со сложной судьбой и тайной жизнью. Мими даже и не подозревает что её новая приятельница Сюзи Миллер является «засланным казачком» - шпионкой из Советского Союза и действует не из душевных порывов, а по приказу начальства. Но женщине, оставшейся в вакууме личных отношений необходим близкий друг и Мими не видит опасности, которая обволакивает её и привлекает своей лёгкостью и пониманием. А Сюзи укрепляет свои позиции избавившись от грубого напарника и продолжая как бы случайное знакомство с капитаном Куинни.
Второй сезон научно-фантастического сериала «Проект «Синяя книга» расскажет о дальнейших изысканиях в области уфологии доктором наук Алленом Хайнеком и его напарником капитаном Майклом Куинни. Пройдя вместе значительную часть исследований, они увидели множество удивительных феноменов, необъяснимых и завораживающих воображение. Смогли убедить президента США в непричастности русских летающих объектов к атаке на столицу и пока не смогли приблизиться к пониманию чем же они являлись в жестокой реальности.